Той е най-известният средновековен скален манастир по Черноморието. Обитаван от монаси-отшелници през XIII – XIV век и изсечен в 25-метрова отвесна карстова скала още в раннохристиянската епоха, необичайният манастир предлага на всеки турист да се докосне до късче от историята на християнството в България и монашеската обител. Манастирът, който сега наричат „Света Троица“, е познат повече като „Аладжа манастир“ (това не е неговото оригинално име), което на турски означава „пъстър“. Именно следи от пъстра църковна живопис и стенописи ще видите в малката църква, датиращи още от Средновековието. На близо половин километър от манастира може да посетите и още една група пещери Катакомбите, служили за отшелнически килии и гробници на монаси.
Началото на системни проучвания на този християнски паметник е поставено в края на ХІХ век от основоположниците на българската археология – братя Карел и Хермин Шкорпил.
През 1927 г. Аладжа манастир е обявен за „народна старина“, а през 1968 г. – за архитектурен паметник на културата от национално значение. Няма данни кога е основана монашеската обител. Оцелелите в параклиса стенописи свидетелстват, че тук е кипял богат духовен живот по време на Второто българско царство (ХІІІ – ХІV в.).
След падането на България под османско робство в края на ХIV век Аладжа манастир постепенно запада и вероятно към края на XV или началото на XVI век е окончателно изоставен.
Необичайните архитектурни форми и многобройните предания за скрити съкровища и призраци на монаси, бродещи сред развалините, създават тук атмосфера на тайнственост и мистика, която от десетилетия привлича многобройни почитатели. За един век тези дадености утвърждават Аладжа манастир като една от най-привлекателните туристически дестинации по Българското Черноморие, включена в много световни гидове.
През 70-те години на миналия век в близост до манастира е изградена музейна сграда, в която наред с постоянната експозиция, представяща миналото на монашеската обител, са уредени и други, посветени на българската християнска култура.
Във фоайето на музея посетителите могат да закупят научнопопулярни издания, дискове с българска църковна музика, разнообразни сувенири.